Si la formación programada o bonificada se gestiona con la participación de una entidad organizadora, los costes más utilizados son los Directos o Impartición, y los de Organización de la Formación. Si el modelo utilizado es la autogestión por parte de la empresa bonificada, se debe definir de un modo claro los Costes de Impartición (Directos) y los Costes Indirectos.

Los Costes Directos se dividen en retribución de formadores internos (en labores de impartición, preparación de clases, tutorías y evaluación y seguimiento de los participantes), coste de los formadores externos, gastos de amortización, o alquiler de equipos didácticos y plataformas tecnológicas, gastos de medios didácticos, compra de materiales didácticos y bienes consumibles, gastos de alquileres de aulas, seguros, transporte, etc. Además, la empresa bonificada puede justificar como Costes Indirectos la Gestión administrativa (Externo), y también al personal o equipos de apoyo, instalaciones para la gestión, luz, agua, mensajería, limpieza, etc.

Se consideran costes directos, los gastos del personal propio de la Empresa Bonificada en labores de impartición, preparación de clases, tutorías, evaluación y seguimiento de alumnos por parte del personal propio, así como las horas invertidas en la preparación de los medios didácticos. El coste hora de cada trabajador se basará en el Salario Bruto Anual (incluida la prorrata de pagas extras) + Seguridad Social a cargo de la Empresa Bonificada + Aportación y complementos. El coste/hora será el resultado de dividir el coste anual para la empresa por las horas anuales trabajadas según el convenio colectivo.

Respecto los gastos de amortización de equipos didácticos y plataformas tecnológicas, se aportarán los soportes justificativos, y el detalle del cálculo de la amortización imputada según las tablas oficiales de coeficientes máximos de amortización del Impuesto de Sociedades. El cálculo del tiempo de amortización deberá realizarse teniendo en cuenta el número de horas de duración del curso. Este mismo sistema de justificación se aplicará a las aulas, talleres y otras superficies docentes.

Si participa una entidad externa, pueden imputarse los Costes de Organización. Estos costes se refiere a los de gestión y organización de la formación, y la imputación se realizará teniendo en cuenta criterios de proporcionalidad de la actividad formativa respecto a la actividad general de la empresa. La factura de la entidad externa a la empresa deberá desglosar los costes de directos o impartición, y los costes de organización de la formación. Para micropymes estos costes pueden ser como máximo el 20%, aunque el porcentaje que más utiliza es el 10%.

La entidad organizadora podrá impartir por sí misma las acciones formativa o podrá contratar a una entidad de formación inscrita. La Organizadora puede contratar personal docente para impartir las acciones formativas mediante contrato de trabajo o contrato de arrendamiento de servicios (autónomos). Pero ni la actividad de organización ni de gestión de la Entidad Organizadora, ni la de impartición podrán ser objeto de subcontratación; no considerándose subcontratación la obligación que tiene la Organizadora de contratar a la entidad o entidades que imparten la formación, ni la contratación del personal docente (profesores o tutores).