Los centros de formación o entidades impartidoras de la Formación Bonificada deben diseñar y programar el curso de tal manera que se oriente a la adquisición y mejora de las competencias de los trabajadores a los que va dirigido. Además de impartirlo con profesores cualificados (que cuenten con la formación y/o experiencia laboral y docente) en la materia del curso, así como realizar la formación asegurando las exigencias técnico-pedagógicas que busquen una calidad de la formación.

Por otro lado el centro de formación debe ayudar al aprendizaje, utilizar adecuados medios didácticos y equipos de apoyo óptimos, realizar seguimiento, adaptar el aprendizaje al nivel medio del grupo formativo, evaluar a los alumnos, realizar el control diario de asistencia, adoptar medidas de protección para los participantes, tener suscrito un seguro de accidentes para los participantes y responsabilidad civil ante terceros.

A la finalización del grupo formativo, debe facilitar a los participantes el cuestionario de evaluación de calidad, evaluar y comprobar la adquisición de competencias, asegurar la entrega del diploma o certificado de asistencia. Además de no olvidar que está prohibido la subcontratación, es decir, las entidades de formación no podrán subcontratar con terceros la ejecución de los cursos que les ha sido adjudicados. Como en todos los sistemas de formación, la contratación del personal docente para la impartición de la formación no se considerará subcontratación.

Los documentos se deben archivar durante más de 4 años son:  CV y acreditaciones del tutor o formador, pruebas de evaluación con las adecuadas correcciones de los docentes, control de asistencia en presencial, cuestionario de evaluación de la calidad de la formación, diploma o certificado de asistencia, factura detallada indicando costes directos y costes de organización (sí procede). Especial importancia tiene los documentos justificativos de la participación del alumno y de su aprendizaje o interacción.

Las entidades organizadoras que además de organizar la formación de sus clientes, actúen como centro impartidor, debden estar inscritas en el Registro Estatal de Entidades de Formación. y debe asegurar la adecuación de la formación a las necesidades de la empresa, contratar a la entidad de formación inscrita (o acreditada), realizar las comunicaciones a través de la aplicación de Fundae, asegurar el desarrollo satisfactorio de formación, seguimiento, control y evaluación, y por último, ayudar a la empresa la documentación relacionada con la formación bonificada. También nformar a las empresas para la correcta bonificación de la formación, y someterse a actuaciones de seguimiento y control del Sepe y Fundae.

Por último, un gestor administrativo (gestor externo) es aquella entidad que realiza exclusivamente las comunicaciones a través de la aplicación de Fundae, por tanto no tiene la consideración de entidad organizadora. Hace de gestor externo, pero no organiza la formación. La empresa bonificada debe estar dada de alta en la aplicación de Fundae como bonificada, y autorizará a la entidad como usuario con el perfil de Gestor, pudiendo imputar el gasto derivado de dicha gestión como coste indirecto.