En Formación programada (bonificada) los costes de los cursos finalizados se justifican o acreditan mediante facturas y otros documentos de valor en el tráfico mercantil, jurídico o administrativo.

La acreditación de los gastos también podrá efectuarse mediante facturas electrónicas.

Las facturas que justifiquen la formación se deben conservar un mínimo de 4 años, junto a otros documentos acreditativos de las operaciones realizadas. Estas facturas se deben corresponder con gastos efectivamente realizados y están obligados a disponer de número, fecha de su expedición, razón o denominación social del proveedor y cliente, número de Identificación Fiscal del proveedor de los bienes o servicios y del destinatario, domicilio de ambos, descripción de las operaciones, indicación de todos los datos necesarios para la determinación de la base imponible, etc.

En general las facturas de formación están exentas de Iva, pero si se indica dicho impuesto indirecto, no se puede bonificar si la empresa ya lo recupera trimestralmente. En el caso de copia de factura, también deben aparecer los requisitos anteriores, más la indicación de su condición de copia. Por otro lado, las facturas se pueden emitir por cualquier medio, en papel o en soporte electrónico, incluso pueden ser sustituidas por facturas simplificadas para importes menores de 400 euros. Los empresarios o profesionales podrán igualmente expedir factura simplificada y copia cuando su importe no exceda de 3.000 euros.

Las entidades organizadoras a las que las empresas encomienden la organización de la formación serán las responsables de contratar a la entidad de formación (Impartidora) acreditada o inscrita que imparta los cursos. Es decir, el centro de impartición facturará siempre a la entidad organizadora para que ésta última facture a la empresa bonificada sin añadir coste de impartición, pero sí de organización.

También se puede justificar los costes de formación mediante recibís, los cuales deben ser emitidos por personas físicas y, únicamente, se admitirán cuando el servicio prestado no sea habitual ni continuado en el tiempo. Los gastos de desplazamiento, manutención y alojamiento se pueden justificar con hojas de autoliquidación de gastos de los profesores o tutores y de los alumnos, siempre que figuren los datos de la empresa bonificada y del receptor del importe.

Para justificar los costes de personal interno se puede aportar los Certificado de retención de IRPF firmado por el  representante legal de la Empresa Bonificada o Entidad Organizadora; el Modelo 190 o declaración anual de IRPF presentado ante la Hacienda Pública; o justificantes de las nóminas y su correspondiente pago.

Para empleados, lo más habitual es copia de la nómina y del contrato en el que figure información sobre la duración del mismo, las horas trabajadas, y la actividad para la que se le contrata. En el caso de que se contrate exclusivamente para la formación, se aceptará el coste total en el período de ejecución de los cursos en los que participe.

En el caso de  contrato mercantil, la justificación requiere copia del contrato con la duración, actividad, horas a trabajar así como recibí o factura con los requisitos establecidos en el presente documento.